Η Γενική Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας και Κοινωνικής Μέριμνας είναι αρμόδια για το συντονισμό και την παρακολούθηση της λειτουργίας όλων των οργανικών μονάδων που υπάγονται σε αυτή, την εξασφάλιση της εύρυθμης λειτουργίας τους και την αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους. Οφείλει να βρίσκεται σε συνεχή συνεργασία με τα καθ’ ύλην αρμόδια υπουργεία για την καλύτερη αντιμετώπιση των προβλημάτων και των υποθέσεων αρμοδιότητάς τους.

Η Γενική Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας και Κοινωνικής Μέριμνας συγκροτείται από τις εξής οργανικές μονάδες:

1. Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας, με έδρα το Ηράκλειο και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Κρήτης.
2. Διεύθυνση Κοινωνικής Μέριμνας, με έδρα το Ηράκλειο και τοπική αρμοδιότητα σε όλη την Περιφέρεια Κρήτης.
3. Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας και Κοινωνικής Μέριμνας Π.Ε Ηρακλείου, με έδρα το Ηράκλειο και τοπική αρμοδιότητα στην Π.Ε Ηρακλείου.
4. Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας και Κοινωνικής Μέριμνας Π.Ε Λασιθίου, με έδρα τον Άγιο Νικόλαο και τοπική αρμοδιότητα στην Π.Ε Λασιθίου.
5. Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας και Κοινωνικής Μέριμνας Π.Ε Ρεθύμνης, με έδρα το Ρέθυμνο και τοπική αρμοδιότητα στην Π.Ε Ρεθύμνης.
6. Διεύθυνση Δημόσιας Υγείας και Κοινωνικής Μέριμνας Π.Ε Χανίων, με έδρα τα Χανιά και τοπική αρμοδιότητα στην Π.Ε Χανίων.